В условиях централизованного государства, располагавшего сильной армией, предводители восстания стремились заимствовать опыт царского правительства в организации руководящих и координирующих органов повстанческих властей в центре и на местах; в формах и методах формирования повстанческих армий, полков и подразделений, их структуры и системы управления ими; в обеспечении Главной армии Пугачева, крупных повстанческих войск, полков и подразделений пушками, порохом, огнестрельным и холодным оружием, боеприпасами, провиантом, фуражом, лошадьми и деньгами; в нормах поведения повстанческих отрядов и их командиров на освобожденной территории.
Одним из первых мероприятий в этом направлении была деятельность Каскына Самарова на Воскресенском заводе. 12 октября 1773 г. его отряд занял Воскресенский завод, заводские крестьяне добровольно перешли на сторону восставших. На заводе отряд пробыл до 15 октября. За это время Каскын Самаров в повстанческую армию мобилизовал около 600 заводских крестьян и отправил в Берду. Туда же он отправил конфискованные у завода 14 пушек, 300 ядер, свинец, порох, лопаты и другие инструменты, 30 тыс. рублей денег и хозяйское серебро. С Каргалинского рудника было отправлено еще 4 пушки, ружья, порох, 50 быков и около 1 тыс. рублей денег. По просьбе заводских крестьян он уничтожил денежные документы, векселя, долговые записи, шнуровые книги, крепостные акты, указы, письма и другие документы заводской конторы. Приказчики и нарядники были арестованы и посажены под караул, а ненавистный для крестьян приказчик Василий Кулалаев по их просьбе и при активном участии был сожжен в собственном доме. Старший приказчик И. Беспалов, изъявивший желание добровольно перейти на сторону восставших, под караулом вместе с обозом был отправлен в Берду. По просьбе заводских крестьян в поселке завода были открыты «магазейны» с заводскими припасами, медной посудой и инструментами, где заводскому населению выдавался хлеб. Для мобилизации населения Преображенского и Архангельского заводов в повстанческую армию Каскын Самаров отправил туда заводского крестьянина Исая Рыжова. Только после этого он отправился в Берду и прибыл туда 18 октября, где Кинзя Арсланов представил его Пугачеву.
24 декабря 1773 г. войско атамана Ильи Арапова заняло пригород Алексеевск. Арапов, «разбив соляные анбары, имеющуюся зборную за продажную соль денежную казну в ящике взял к себе всю без остатку. И имеющуюся в тех анбарах казенную соль приказал алексеевскому казаку Василью Гурьеву... в народ роздавать безденежно». По ведомости, данной целовальником Василием Огородниковым генерал-майору П.В. Мансурову, безденежно было роздано населению 171 пуд 5 фунтов казенной соли.
27 декабря 1773 г. Илья Арапов в Самаре распорядился раздать «разным приходящим людям, безденежно з запискою, казенной соли, каждому по пяти фунтов». Всего было роздано безденежно «тысяча шестьсот восемьдесят один пуд тридцеть пять фунтов казенной соли». После Арапов запер соляные амбары, ключи забрал с собой и увез.
6 февраля в пригороде Сергеевск взбунтовавшие казаки во главе с подпрапорщиком Михаилом Бердником отобрали у целовальника Семена Волкова соляные деньги в сумме «шестьсот восемьдесят рублев», разбили замки на соляных амбарах и безденежно казенную соль. За отобранные деньги Бердников дал расписку, а сколько было роздано соли, Волков не помнит.
7 февраля 1774 г. башкирский полковник повстанческой армии Тычкан Дербышев в Каменском заводе распорядился отпускать соль населению «безденежно». В результате было отпущено «башкирам триста пять пудов, багарятским крестьянам… семьдесят четыре пуда, каменским мастеровым сорок четыре пуда дватцать фунтов, каменскому управителю Василию Дягилеву пять пудов, багарятскому священнику Иосифу Богомолову два пуда, для отвозу в Далматов монастырь к атаману Пестереву дватцать пуд, а всего безденежно отпущено четыреста пятьдесят пуд дватцать фунтов». Кроме того, Дербышев отобрал у целовальника соляной продажи Лутохина ключи от магазинов и «запечатал соль своими печатями, забрал заводскую и соляную казну на «четыреста двенатцать рублев девяносто копеек», которую отправил «в свои татарские улусы». Позже Дербышев через атамана Максимова эту сумму вернул заводу. Подканцеляриста заводской конторы Филиппа Понамарева Дербышев назначил атаманом.
В последующем в Каменский завод приезжали атаманы Самсон Максимов, Баюков, Степан Половников, заставляли Лутохина продавать соль по ценам 20 и 40 копеек, собранные суммы денег по частям забирали себе и выдавали расписки. Часть денег в сумме 120 рублей раздали мастеровым людям в счет зарплаты.
Несомненный интерес представляют действия Батыркая Иткинина по организации местного самоуправления на Юговском заводе и в Осинской дворцовой волости. Так, 21 декабря он арестовал командира осинских пахотных солдат Кобелева, разворовавшего казенные деньги, подверг его экзекуции и отправил в Чесноковку, а в Осе организовал выборы нового командира, от которого требовал не чинить обид подчиненным, а с последних — беспрекословного подчинения выборному командиру. В билете выборному сотнику Юговского завода Г. Ситникову от 1 января 1774 года он предлагал учредить выборную земскую избу, создать свою военную команду для обороны завода от карателей, мобилизовал для этого заводских крестьян, велел для изготовления оружий «казакам» исправить кузницу, «наистрожайше» контролировать дисциплину, «ослушников наказать». Важным мероприятием был пуск двух мельниц мирскими силами и использование их для «мира». В ряде документов Б. Иткинин требовал организации контроля над продажей вина и соли, усиления обороны, снабжения повстанческого отряда оружием, провиантом, фуражом, лошадьми. Широко известна деятельность Салавата Юлаева в том же регионе. Ряд мероприятий аналогичного содержания проводили Канзафар Усаев, Каранай Муратов, Абдей Абдулов, Юскей Кудашев, Адигут Тимасев, Арслан Рангулов и другие.